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Arrêt maladie : quel est le coût pour l’employeur en 2026 ?

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Un arrêt maladie ne provoque pas seulement une désorganisation dans l’entreprise : il représente aussi un coût pour l’employeur. Au-delà du maintien de salaire, des coûts cachés peuvent apparaître. Alors, combien coûte un arrêt maladie à l’employeur ? Découvrez les principaux impacts financiers d’un arrêt de travail.

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quel est le coût d'un arrêt maladie pour l'employeur ?
Sommaire de l'article

Un arrêt de travail pour maladie génère un coût pour l’employeur, qui, dans certaines conditions, est tenu de compléter la rémunération du salarié absent.

Mais quelles sont les règles pour indemniser un salarié en arrêt maladie ? Quel niveau d’indemnisation l’employeur doit-il assurer ? Et surtout, existe-t-il des coûts cachés liés à l’absence, au-delà du simple maintien de salaire ?

Face à ces enjeux, de plus en plus d’entreprises s’appuient sur des logiciels de gestion des absences afin de suivre les arrêts maladie, automatiser les calculs d’indemnisation et anticiper l’impact financier des absences sur l’organisation.

Nous vous proposons dans cet article de faire le point complet sur le coût d’un salarié en arrêt maladie pour l’employeur.

Rappel sur l’arrêt de travail pour maladie

Avant de s’intéresser au coût d’un arrêt maladie pour l’employeur, rappelons ce qu’est un arrêt de travail pour maladie.

Un arrêt maladie, c’est quoi ?

Le salarié en incapacité temporaire de travail peut se faire prescrire un arrêt de travail par son médecin traitant, un médecin de ville ou un médecin hospitalier. Cet arrêt de travail permet de justifier son absence auprès de l’employeur. Le contrat de travail est alors suspendu.

Quel délai pour transmettre l’arrêt de travail ?

Le salarié dispose d’un délai de 48H pour transmettre son arrêt de travail à son employeur.

L’arrêt de travail peut prendre la forme d’un arrêt de travail dématérialisé qui a été télétransmis à la Sécurité Sociale, un formulaire Cerfa pour la version employeur complété de manière manuscrite par le médecin prescripteur (de moins en moins utilisé) ou un bulletin d’hospitalisation transmis par l’hôpital ou la clinique.

À lire également :

Le signalement « arrêt de travail »

L’employeur dispose de 5 jours pour signaler l’arrêt de travail à la Sécurité Sociale par l’intermédiaire de la DSN. En cas de subrogation dans la perception des IJSS, le signalement peut être effectué au-delà de ce délai.

Pour rappel, la subrogation peut être demandée par l’employeur au moment du signalement afin de percevoir les IJSS à la place du salarié en cas de maintien partiel ou total de salaire.

Quel est le coût pour l’employeur d’un salarié en arrêt maladie ?

Un salarié dont le contrat est suspendu pour arrêt de travail en maladie voit son salaire retenu à hauteur du nombre d’heures non travaillées. Dans certains cas, il bénéficie d’une indemnité employeur en complément des indemnités de Sécurité Sociale versées au salarié.

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Au-delà de l’indemnisation de l’arrêt de travail par l’employeur, un salarié en arrêt maladie engendre des coûts supplémentaires pour l’employeur.

L’absence maladie

Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail pour maladie, l’absence maladie est déduite de la rémunération du salarié. Plusieurs méthodes sont possibles pour calculer une absence maladie :

  • En heures réelles.
  • En jours ouvrés.
  • En jours calendaires.

À savoir que la méthode retenue par la Cour de cassation est la méthode en heures réelles, soit : salaire / nombre d’heures réelles du mois X le nombre d’heures réelles d’absence.

Toutefois, certaines entreprises calculent les absences maladie en jours calendaires afin de « coller » avec les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS).

Pour plus d’informations sur l’absence maladie, vous pouvez consulter notre article : L’absence maladie : Comment la calculer ? Comment la traiter en paie ?

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L’indemnité employeur pour arrêt maladie

L’employeur verse sous certaines conditions, et notamment le versement d’IJSS au salarié, une indemnité employeur en complément des IJSS. L’article D1226-1 du Code du travail prévoit un maintien de salaire dans les conditions suivantes :

  • Pendant les 30 premiers jours, 90 % de la rémunération brute.
  • Pendant les 30 jours suivants, 2/3 de la rémunération brute.

Pour pouvoir bénéficier de l’indemnité employeur, le salarié doit justifier d’au minimum 1 an d’ancienneté. Les durées d’indemnisation sont augmentées de 10 jours par période entière de 5 ans dans la limite de 90 jours.  

Les conventions collectives peuvent prévoir des dispositions plus favorables que le Code du travail. En tout état de cause, il faut toujours comparer les dispositions conventionnelles et légales et appliquer la méthode de maintien de salaire la plus favorable au salarié en prenant en compte le niveau de maintien de salaire, les jours de carence ainsi que le mode de calcul du maintien (maintien du brut ou du net) et au cas par cas.

L’indemnité employeur est versée au salarié après déduction des IJSS brutes. En cas de maintien du net prévu par la convention collective, il convient également de déduire la « garantie du net » ou « ajustement du net » afin que le salarié ne touche pas plus en arrêt que s’il avait travaillé.

Pour rappel, l’IJSS brute représente 50% du salaire journalier de référence.

L’indemnité de prévoyance : cotisations patronales sur la partie soumise

comment calculer les IJSS en cas d'arrêt maladie ?

Lorsque le salarié n’est plus maintenu, il peut bénéficier d’une indemnité de prévoyance en complément des IJSS. Son niveau est fixé par le contrat conclu entre l’employeur et l’organisme de prévoyance.

Le contrat précise également si l’indemnité de prévoyance entre dans l’assiette de cotisations prévoyance. Cette indemnité passe par le bulletin de salaire, car la partie qui correspond au financement de l’employeur est soumise à cotisations, ce qui implique un coût pour l’employeur au titre des cotisations patronales.

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Illustration par des exemples

Un salarié est malade tout le mois et bénéficie d’un maintien du salaire net à 100% :

Salaire de base 2500
Retenue absence maladie-2500
Indemnité absence maladie 2500
Retenue IJSS-1273,97
Ajustement du net-240,38
Salaire brut985,65
Cotisations patronales *368,11
Cout total pour l’employeur1353.73
*compte tenu d’un taux patronal de prévoyance de 0,61% et d’une cotisation mutuelle de 39,03 €

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Un salarié est malade tout le mois, il n’est plus maintenu par l’employeur et bénéficie d’une indemnité complémentaire de prévoyance.

Salaire de base 2500
Retenue absence maladie-2500
Indemnité prévoyance soumise 350
Indemnité de prévoyance non soumise 350
Salaire brut350
Cotisations patronales *188,06
Cout total pour l’employeur188,06
 *compte tenu d’un taux patronal de prévoyance de 0,61% et d’une cotisation mutuelle de 39,03 €

Les coûts cachés d’un arrêt de travail

Un arrêt maladie peut entraîner des frais cachés pour l’employeur, et notamment en cas d’arrêt de longue durée ou pour un salarié régulièrement en arrêt de travail.

En effet, l’absence d’un collaborateur implique son éventuel remplacement ou encore une charge de travail plus importante pour les autres membres de l’équipe, ce qui peut générer le paiement d’heures supplémentaires.    

FAQ : 5 questions fréquentes de vos salariés sur l’arrêt maladie

L’employeur peut-il refuser un arrêt maladie ?

Non, un employeur ne peut pas refuser un arrêt maladie prescrit par un médecin. En revanche, il peut demander un contrôle médical pour vérifier la réalité de l’arrêt. Si une fraude est constatée, des sanctions disciplinaires peuvent être engagées. La Sécurité sociale peut également suspendre les indemnités journalières.

Un salarié en arrêt maladie peut-il sortir de chez lui ?

Oui, mais cela dépend des conditions indiquées par le médecin sur l’arrêt de travail. Certains salariés doivent respecter des horaires de présence à domicile. En cas de contrôle de la CPAM ou de l’employeur, une absence injustifiée peut entraîner la suspension des indemnités journalières.

Les congés payés continuent-ils à être acquis pendant un arrêt maladie ?

Oui, les salariés continuent désormais à acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie, même pour une maladie non professionnelle. Cette règle résulte des récentes évolutions du droit français. Les entreprises doivent donc adapter leurs pratiques RH et leurs outils de gestion des congés.


Peut-on être licencié pendant un arrêt maladie ?

Un salarié ne peut pas être licencié à cause de son état de santé. En revanche, un licenciement reste possible si l’absence prolongée désorganise fortement l’entreprise. L’employeur doit alors démontrer la nécessité d’un remplacement durable pour justifier cette décision devant les tribunaux.

Quel salaire touche réellement un salarié en arrêt maladie ?

Le montant dépend du salaire initial, des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale et du maintien éventuel prévu par l’employeur. Certaines conventions collectives garantissent un maintien total du salaire. D’autres prévoient une baisse de rémunération après quelques jours d’absence seulement.

En Bref, 6 points à retenir pour bien gérer un arrêt maladie

Points à retenir pour bien gérer un arrêt maladieAction RH associée
Vérifier la réception de l’arrêt maladie dans les 48 heuresMettre en place un suivi automatisé des justificatifs et relancer rapidement les salariés concernés
Réaliser le signalement DSN dans les délaisCentraliser les déclarations via un logiciel de paie ou un outil RH dédié
Contrôler les droits au maintien de salaireVérifier l’ancienneté du salarié et les dispositions prévues par la convention collective
Anticiper le coût réel de l’absenceSuivre les coûts directs et indirects liés aux remplacements, heures supplémentaires et désorganisation
Maintenir le lien avec le salarié absentPrévoir des points réguliers et préparer le retour au travail en amont
Sécuriser le suivi administratif et juridiqueFormer les managers et les RH aux règles liées aux arrêts maladie et à la gestion des absences
Image de Laetitia Baccelli
Laetitia Baccelli