Comment compter les jours d’arrêt maladie en 2026 ?

Lorsqu’un salarié se retrouve en incapacité temporaire de travail à la suite d’un accident ou d’une maladie d’origine non professionnelle, il peut bénéficier d’un arrêt de travail. Ce dispositif soulève toutefois de nombreuses questions pratiques, tant pour le salarié que pour l’employeur.

Quelles sont les démarches à respecter pour transmettre un arrêt de travail dans les délais ? Quels sont les droits du salarié pendant cette période d’interruption ?

Et surtout, comment compter les jours d’arrêt maladie de manière exacte ? Comment déterminer la durée d’un arrêt de travail afin de garantir une indemnisation correcte, notamment lorsque le salarié se trouve en congés payés au moment de l’arrêt ?

Dans la pratique, la gestion de ces situations nécessite un suivi rigoureux des absences, des dates et des droits à indemnisation.

C’est pourquoi de nombreuses entreprises s’appuient aujourd’hui sur des logiciels de gestion des absences, qui permettent de centraliser les arrêts de travail, d’automatiser le décompte des jours d’arrêt maladie et de sécuriser le traitement administratif et paie.

Dans cet article, nous vous proposons de revenir sur les principales étapes de la gestion des arrêts de travail, en abordant le fonctionnement des arrêts maladie, leurs impacts sur les droits des salariés, les obligations des employeurs et les méthodes précises de calcul permettant de déterminer la durée des jours d’arrêt indemnisés.

Rappel sur l’arrêt maladie

Avant de définir la manière dont sont calculés les jours d’arrêt maladie, il est important de comprendre ce qu’est un arrêt de travail et la procédure tant pour l’employeur que pour le salarié.  

Un arrêt maladie, c’est quoi ?

Un arrêt maladie est un arrêt de travail pour accident ou maladie non professionnelle prescrit par un médecin généraliste, le plus souvent le médecin traitant, un médecin spécialiste ou un médecin hospitalier, lorsque le salarié présente une incapacité temporaire de travail.

Quel est l’impact d’un arrêt de travail pour maladie sur les droits du salarié ?

Sauf dispositions contraires par accord collectif, convention ou accord de branche ou usage dans l’entreprise, un arrêt maladie a les incidences suivantes sur les droits des salariés :

• Acquisition de congés payés dans une certaine limite (24 jours ouvrables par an au maximum).
• Diminution ou suppression des primes calculées en fonction du temps de travail effectif (primes annuelles, prime de transport, prime de froid, …).
• Pas de titres restaurant.

Arrêt de travail pour maladie : comment ça marche ?

Délai de 48 H pour transmettre l’arrêt de travail

Le salarié en incapacité temporaire de travail pour maladie non professionnelle doit transmettre à son employeur son arrêt dans un délai de 48H.

Il peut s’agir d’un arrêt de travail en version papier, de moins en moins utilisé par les médecins, un arrêt de travail dématérialisé envoyé à la Sécurité Sociale par télétransmission ou un bulletin d’hospitalisation.

À noter qu’en cas de bulletin d’hospitalisation, celui-ci est à transmettre à la CPAM au moment du signalement « arrêt de travail ».

L’arrêt initial et l’arrêt de prolongation

L’arrêt initial est le premier arrêt de travail prescrit au salarié. L’arrêt de travail débute à la date de début de l’arrêt initial.

En cas de poursuite de l’incapacité de travail, le médecin prescrit au salarié un arrêt de prolongation. Celui-ci peut être renouvelé aussi longtemps que le nécessite l’état de santé du salarié.

Procédure pour l’employeur

Comment calculer les jours d’arrêt maladie en entreprise ?

L’employeur dispose d’un délai de 5 jours pour produire le signalement « Arrêt de travail » par l’intermédiaire de la DSN. Toutefois, si l’employeur a demandé la subrogation en cas de maintien de salaire ou si l’arrêt de travail n’impacte pas la paie du mois (saisie en M+1), le signalement peut être transmis à la CPAM après ce délai.

Le signalement en DSN permet de transmettre à la CPAM les informations permettant le déclenchement du paiement des IJSS au salarié ou à l’employeur et notamment le dernier jour travaillé qui permet de fixer le début de paiement de l’arrêt de travail par la CPAM.

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Comment calculer le nombre de jours d’arrêt maladie ?

Le nombre de jours d’arrêt maladie se calcule en jours calendaires, week-end et jour férié compris.

Calculer le nombre de jours d’arrêt maladie

L’arrêt de travail pour la maladie se calcule en jours calendaire, c’est-à-dire du lundi au dimanche, jours fériés compris. Il débute le lendemain du dernier jour travaillé déclaré à la CPAM.

Exemple : Un salarié est arrêté du 24 octobre au 18 novembre, son arrêt est de 26 jours calendaires, jours fériés compris.

Il existe plusieurs moyens de calculer la retenue d’absence maladie :

• En jours calendaires : Salaire mensuel / nombre de jours calendaires réels du mois X nombres de jours calendaires d’arrêt.
• En jours (ou heures) travaillés réels : salaire mensuel / nombre de jours (ou heures) travaillés du mois X nombre de jours (ou heures) travaillés de l’arrêt.

À noter que la méthode recommandée par la Cour de Cassation est la méthode en heures réelles et notamment en cas d’absence de maintien de salaire par l’employeur.

Toutefois, de nombreuses entreprise pratiquent la retenue en jours calendaires afin de « coller » avec le paiement des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale.

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Le décompte des IJSS

Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) sont versées aux salariés en arrêt maladie, sous conditions d’une durée d’affiliation suffisante à l’Assurance Maladie. Les IJSS sont décomptées en jours calendaires, week-end et jour férié compris.

Au début de chaque arrêt de travail, sauf en cas d’affection de longue durée, une carence de 3 jours est appliquée. Ainsi, l’arrêt de travail est indemnisé à compter du 4^ème jour d’arrêt.

Exemple : Un salarié est en arrêt de travail du 4 au 15 avril. Il percevra de la CPAM des IJSS du 7 au 15 avril soit 9 jours calendaires.

Que se passe-t-il lorsque le salarié est en congés payés au moment du début de l’arrêt ?

Le 10 septembre, la Cour de cassation a fait un revirement de jurisprudence, en cohérence avec la jurisprudence européenne qui considère qu’il y a lieu de distinguer les congés payés destinés au repos et aux loisirs d’un arrêt de travail destiné au rétablissement de la santé du salarié (Cour de cassation – Pourvoi n°23-22732).

A compter de cette date, les employeurs doivent appliquer cette nouvelle interprétation, dans l’attente d’une éventuelle loi d’adaptation du droit Français au droit européen ou au minimum d’une instruction officielle de l’assurance maladie.

Ainsi, si un arrêt de travail débute alors que le salarié est déjà en congés payés, ces derniers sont suspendus dès le début de l’arrêt de travail et peuvent ainsi être reportés.

Exemple : un salarié est en congés payés du lundi 4 au samedi 23 juillet soit 17 jours ouvrables, il est en arrêt de travail à compter du mercredi 13 juillet.
Le salarié est placé en congés payés jusqu’au mardi 12 juillet soit 8 jours ouvrables et il bascule en absence maladie à compter du mercredi 13 juillet. Ses congés payés non pris sont alors réintégrés dans son compteur et pourront être pris ultérieurement selon les règles de prise et de report en vigueur.

Qu’est-ce qui change dans les jours d’arrêt maladie en 2026 ?

Chers professionnels des Ressources Humaines, l’année 2026 marque une période de transition significative dans la gestion des absences pour maladie et l’acquisition des congés payés.

Ces évolutions, issues principalement du projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) et de l’alignement progressif sur le droit européen, exigent une attention particulière pour garantir la conformité et une gestion RH sereine.

L’encadrement de la durée des arrêts de travail : le plafond des 30 jours

Dans un objectif clair de rationalisation des dépenses de santé et de lutte contre les abus, le budget 2026 de la Sécurité sociale introduit un encadrement de la durée des arrêts de travail.

Bien que les débats parlementaires aient été houleux et que le Sénat ait pu rejeter certaines mesures, la tendance générale est à la restriction de la durée initiale.

Initialement, le gouvernement envisageait une limitation de la première prescription d’arrêt à 15 jours par un médecin de ville et à 30 jours à l’hôpital.

La version votée en première lecture a confirmé l’encadrement, fixant notamment à un mois le maximum pour une première prescription (en ville et à l’hôpital), et à deux mois pour un renouvellement.

Néanmoins, il est fondamental de noter que l’autonomie médicale est maintenue. Un médecin peut toujours prescrire une durée plus longue si l’état de santé du patient l’exige, mais cette durée devra être dûment justifiée sur l’arrêt.

Pour les RH, cela signifie :

• Contrôle renforcé : La mention des motifs de l’arrêt devient obligatoire pour faciliter le contrôle par l’Assurance Maladie.
• Vigilance sur les durées : Il faudra être attentif aux durées initiales et aux justificatifs pour les arrêts longs dès la première prescription.
• Communication : Préparer une communication claire aux salariés pour expliquer ces nouvelles règles et les obligations de justification.

Les congés payés et l’arrêt maladie : une conformité européenne actée

L’autre grand chantier concerne l’articulation entre l’arrêt maladie et l’acquisition ou le report des congés payés, suite à la mise en conformité du Code du travail avec le droit de l’Union européenne (loi du 22 avril 2024 et jurisprudence constante de la Cour de Cassation).

Désormais, la période d’absence pour maladie ou accident d’origine non professionnelle ouvre droit à l’acquisition de congés payés, dans la limite de deux jours ouvrables par mois, soit un maximum de 24 jours ouvrables par an (quatre semaines).

Un salarié en arrêt maladie qui n’a pas pu prendre ses congés bénéficie d’une période de report de 15 mois pour les utiliser. Ce délai commence à courir à partir du moment où l’employeur l’informe des droits à congés acquis et du délai de forclusion. Cette information doit être donnée dans le mois qui suit la reprise du travail.

De plus, un arrêt majeur de la Cour de cassation de septembre 2025 confirme qu’un salarié qui tombe malade pendant ses congés payés a le droit de reporter ces jours à une date ultérieure. Cette décision met fin à une jurisprudence qui entraînait la perte de ces jours.

Le congé payé ayant pour vocation le repos effectif, il est interrompu par l’arrêt de travail pour maladie.

L’impact RH est le suivant :

• Mise à jour des systèmes de paie : Les logiciels de paie doivent impérativement intégrer la nouvelle règle d’acquisition de congés pendant l’arrêt maladie non professionnelle (2 jours/mois).
• Devoir d’information : L’employeur a une obligation explicite d’informer le salarié de ses droits à congés payés non pris et de la période de report de 15 mois à son retour d’absence.
• Gestion de la rétroactivité : Les salariés ont un délai de deux ans (jusqu’en avril 2026) pour réclamer des congés non acquis au titre d’anciens arrêts, ce qui nécessite de prévoir l’impact financier potentiel.

Pour en savoir plus sur l’absence maladie, vous pouvez consulter notre article : L’absence maladie : Comment la calculer ? Comment la traiter en paie ?

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