Arrêt maladie et subrogation : comment ça marche ?

Dernière mise à jour le :

Publié le :

Découvrez comment gérer un arrêt de travail pour maladie lorsque l'employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS !

Auteur / Autrice

Consultante et formatrice en paie, j'apporte mon expertise pour optimiser efficacement vos services paie

Sommaire de l'article

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie indemnisé par la Sécurité Sociale et maintenu par l’employeur, même partiellement, ce dernier peut demander à la Sécurité Sociale de percevoir les IJSS à la place du salarié. Il s’agit de la subrogation de l’employeur dans la perception des IJSS.

Mais comment fonctionne la subrogation de l’employeur dans le cadre d’un arrêt maladie ? Comment en faire la demande ? Quel traitement en paie ?

Dans cet article, nous vous proposons de faire le point sur la gestion d’un arrêt maladie avec subrogation de l’employeur.

A lire également :

Arrêt maladie : rappel des principes généraux

Avant d’entrer dans le détail de la gestion de la subrogation en cas d’arrêt maladie, rappelons les principes généraux d’un arrêt de travail pour maladie.

Un arrêt maladie, c’est quoi ?

La loi permet au salarié de s’absenter pour une incapacité temporaire de travail due à une maladie ou à un accident non professionnel. Cette absence est alors déduite de son salaire.

Cependant, l’employeur peut maintenir partiellement ou totalement le salaire du salarié, sous certaines conditions définies par des dispositions légales ou conventionnelles (article L.1226-1 du Code du travail).

L’arrêt de travail pour maladie peut prendre la forme :

  • D’un avis d’arrêt de travail (Cerfa n°50069*07).
  • D’un bulletin d’hospitalisation.

Arrêt maladie et IJSS

L’Indemnité Journalière de Sécurité Sociale (IJSS) maladie est une prestation versée aux salariés en arrêt de travail pour incapacité temporaire de travail pour maladie d’origine non professionnelle.

Paie 2024 : les principaux changements à connaître

Prime de partage de la valeur, calcul des droits à congés payés en cas d’absence pour maladie, cotisation d'assurance chômage et dispositif bonus-malus, etc. Découvrez toutes les évolutions à intégrer dans la construction de la paie cette année, les derniers changements datant d’août 2024. Ce livre blanc a été réalisé par notre partenaire les Editions Tissot.

Je télécharge gratuitement

Cependant, tous les salariés ne sont pas éligibles aux IJSS maladie. Pour en bénéficier, il est nécessaire d’avoir une durée d’affiliation ou un montant de cotisations minimal.

Les IJSS maladie peuvent être perçues soit directement par l’assuré, soit par l’employeur en cas de maintien total ou partiel du salaire dans le cadre de la subrogation.

Ce choix doit être indiqué par l’employeur lors du signalement de l’arrêt de travail via la Déclaration Sociale Nominative (DSN).

Le montant de l’IJSS maladie est égal à 50% de la moyenne des trois derniers salaires rétablis.

A lire également :

Les règles de maintien de salaire

Le Code du travail prévoit des règles de maintien de salaire pour les salariés en arrêt maladie, après un délai de carence de 7 jours.

Voici les règles de maintien de salaire prévues par la loi :

 90% du salaire brut2/3 du salaire brut soit 66,66%
De 1 à 5 ans d’ancienneté30 premiers jours30 jours suivants
De 6 à 10 ans d’ancienneté40 premiers jours40 jours suivants
De 11 à 15 ans d’ancienneté50 premiers jours50 jours suivants
De 16 à 20 ans d’ancienneté60 premiers jours60 jours suivants
De 21 à 25 ans d’ancienneté70 premiers jours70 jours suivants
De 26 à 30 ans d’ancienneté80 premiers jours80 jours suivants
À partir de 31 ans d’ancienneté90 premiers jours90 jours suivants

Toutefois, plusieurs conditions sont requises pour que le salarié puisse bénéficier des durées légales de maintien de salaire en cas d’arrêt maladie :

  • Le salarié doit avoir au moins un an d’ancienneté dans l’entreprise.
  • L’incapacité de travail doit être justifiée par un arrêt de travail ou un bulletin d’hospitalisation dans les 48 heures suivant l’absence.
  • Le salarié doit remplir les conditions pour percevoir des IJSS.

En outre, certaines conventions collectives ou accords d’entreprise peuvent prévoir des conditions plus favorables, comme un maintien de salaire sans délai de carence ou une indemnisation supérieure à celle prévue par la loi.

Arrêt maladie et subrogation de l’employeur : comment ça marche ?

Lorsque la rémunération du salarié en arrêt maladie est maintenu même partiellement l’employeur peut demander à la sécurité sociale de percevoir les IJSS à la place du salarié.

La suite après la publicité

Mais quelles sont les conditions à la subrogation de l’employeur et comment faire cette demande ?

Seulement en cas de maintien de salaire par l’employeur

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, il peut percevoir des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) sous certaines conditions. Conformément aux disposition légales ou conventionnelles, l’employeur peut maintenir totalement ou partiellement la rémunération du salarié pendant son absence, après déduction des IJSS.

Dans ce cadre, l’employeur peut demander à la Sécurité Sociale de recevoir directement les IJSS au lieu que celles-ci soient versées au salarié. Cette pratique est connue sous le nom de subrogation de l’employeur dans la perception des IJSS.

La subrogation peut être demandée par l’employeur seulement si la rémunération du salarié est maintenue, même partiellement. Lorsque la rémunération n’est plus maintenue par l’employeur, à l’échéance des durées de maintien légales ou conventionnelles, la subrogation de l’employeur cesse. Le salarié perçoit alors directement les IJSS maladie et le cas échéant, une indemnité complémentaire d’un organisme de prévoyance.

Demander la subrogation à la Sécurité Sociale

La subrogation est demandée par l’employeur au moment du signalement de l’arrêt maladie via la DSN. Lors de cette déclaration, l’employeur informe la Sécurité Sociale des dates de début et de fin de la subrogation et transmet ses coordonnées bancaires pour le versement des IJSS.

Voici les modalités déclaratives du signalement « arrêt de travail » pour un arrêt maladie avec subrogation :  

S21.G00.60.001Motif de l’arrêt01 – Maladie
S21.G00.60.002Date du dernier jour travailléVeille du jour de l’arrêt (y compris week-end et jour férié), sauf exceptions
S21.G00.60.003Date de fin prévisionnelleDate inscrite sur l’arrêt de travail ou le bulletin d’hospitalisation
S21.G00.60.004Subrogation01 – Oui
S21.G00.60.005Date de début de subrogationDate de début de l’arrêt
S21.G00.60.006Date de fin de subrogationDate de fin de maintien total ou partiel
S21.G00.60.007IBANIBAN de l’employeur
S21.G00.60.008BICBIC de l’employeur
S21.G00.60.010Date de repriseÀ renseigner uniquement si le salarié a repris son travail au moment du signalement et notamment en cas de reprise anticipée
S21.G00.60.011Motif de reprise01 – Reprise normale 02 – Reprise en temps partiel thérapeutique 03 – Reprise temps partiel raison personnelle

Gérer la fin de subrogation

La date de fin de subrogation est un élément capital, car elle détermine le moment à partir duquel le salarié commencera à percevoir directement les IJSS. L’employeur peut demander la subrogation tant que la rémunération du salarié est maintenue, partiellement ou totalement.

Avant de déclarer le signalement en DSN et ainsi les dates de subrogation, il est nécessaire au préalable de calculer la date théorique de fin de maintien de salaire en prenant en compte les dispositions légales et conventionnelles, l’ancienneté du salarié à la date de début de l’arrêt ainsi que, le cas échéant, les droits déjà utilisés par le salarié sur les 12 mois glissants.

Certaines solutions de paie permettent de calculer automatiquement la date de fin de maintien automatiquement, ceci représente un gain de temps considérable pour le gestionnaire de paie.

Arrêt maladie et subrogation : le traitement en paie

L’employeur peut demander, s’il le souhaite, à percevoir les IJSS à place du salarié. Ceci implique un mécanisme particulier en paie afin de reverser au salarié les IJSS perçues par l’employeur.

Arrêt maladie et subrogation : le mécanisme en paie

L’employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS lorsque la rémunération du salarié est partiellement ou totalement maintenue. Dans ce cas, l’employeur perçoit directement le montant des IJSS dues au salarié et doit ensuite le reverser à ce dernier.

En outre, l’employeur doit verser au salarié une indemnité complémentaire aux IJSS, dont le montant est défini par la loi, la convention collective ou un accord d’entreprise plus favorable.

Voici le mécanisme de traitement des IJSS subrogées en paie :

En brut (haut de bulletin) :

  • Retenue absence
  • Indemnité absence
  • Retenue IJSS brutes
  • Retenue garantie du net (si maintien du salaire net)

En net (en bas de bulletin) :

Reversement des IJSS nettes

IJSS maladie subrogées et prélèvement à la source

Le principe du prélèvement à la source est le suivant : c’est au payeur de prélever l’impôt du contribuable et de le reverser à l’administration fiscale. Ainsi, en cas de subrogation dans la perception des IJSS, c’est à l’employeur de procéder au prélèvement à la source.

Les indemnités journalières de Sécurité Sociale (IJSS) maladie sont soumises à l’impôt sur le revenu, sauf en cas d’affection de longue durée. Toutefois, en raison du secret médical, cette information n’est pas transmise à l’employeur pour la gestion du prélèvement à la source.

Ainsi, des règles générales s’appliquent en matière de prélèvement à la source des IJSS maladie subrogées. Le montant des IJSS brutes diminué de la CSG déductible est intégré dans la base du prélèvement à la source pendant les 2 premiers mois d’arrêt. Dans tous les cas, les IJSS ne doivent pas être intégrées dans la rémunération nette imposable, donnée transmise via la DSN à l’administration fiscale servant de base à la déclaration préremplie de l’impôt sur le revenu. C’est donc à la CPAM de transmettre le montant des IJSS perçues par les salariés à l’administration fiscale, calculée en fonction de la situation médicale du salarié.

Vous pourriez également être intéressé par