Temps Partiel Thérapeutique 2026 : règles, obligations, traitement paie… tout savoir !

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Le temps partiel thérapeutique est un dispositif permettant aux salariés de réduire leur activité pour raison médicale. Découvrez ses modalités déclaratives et son traitement paie.

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comment fonctionne le temps partiel therapeutique ?
Sommaire de l'article

Les salariés ont la possibilité de réduire leur activité pour raison médicale, c’est le temps partiel thérapeutique ou plus communément appelé mi-temps thérapeutique.

Mais qu’est ce que le temps partiel thérapeutique ? Quelle est la procédure tant pour le salarié que pour l’employeur ? Comment est-il indemnisé ? Comment le traiter en paie ?

Nous vous proposons de faire le point dans cet article sur la gestion du temps partiel thérapeutique.

Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique ? Définition !

Le temps partiel thérapeutique est une reprise à temps partiel suite à un arrêt de travail à temps plein, indemnisé par la Sécurité Sociale, pour maladie, accident de travail ou maladie professionnelle dont l’objectif est de favoriser la guérison du salarié ou la consolidation de sa blessure.

Le pourcentage d’activité n’est pas nécessairement de 50% d’où l’appellation erronée de « mi-temps thérapeutique » et peut être évolutif en fonction de l’état de santé du salarié.

Côté salarié, quel est l’impact ?

Le temps partiel thérapeutique est un aménagement du temps de travail qui va permettre au salarié une réintégration en douceur dans son activité sans toutefois subir une perte de rémunération.

En effet, la CPAM va verser au salarié des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) en contrepartie du salaire brut perdu.

Depuis le 1er janvier 2019, il n’est plus nécessaire d’avoir d’abord un arrêt de travail à temps plein avant de passer à un arrêt en temps partiel thérapeutique.

Il est donc désormais possible de commencer directement par un arrêt de travail à temps partiel thérapeutique sans avoir préalablement été en arrêt complet.

Le temps partiel thérapeutique est conçu pour permettre aux salariés de continuer à travailler avec un aménagement de leur temps de travail, afin de prévenir un arrêt complet, qui serait plus coûteux pour l’Assurance Maladie et pour l’employeur en termes de maintien du salaire.

Le salarié en temps partiel thérapeutique conserve tous les droits d’un salarié à temps plein.

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Qui peut prescrire un temps partiel thérapeutique ?

Le salarié doit se faire prescrire un arrêt de travail pour temps partiel thérapeutique par son médecin traitant mentionnant le pourcentage d’activité et pour une durée déterminée (avec une date début et une date de fin).

Le salarié doit transmettre le volet 1 et 2 de son arrêt de travail à la CPAM pour avis du médecin conseil et le volet 3 à son employeur. Si celui-ci est dématérialisé, il est directement envoyé à la CPAM.

Si une prolongation de cet arrêt est nécessaire, le salarié devra fournir un nouvel arrêt de prolongation.

Quel est l’impact sur les congés payés ?

quel lien entre congés payés et temps partiel thérapeutique ?

Un salarié en temps partiel thérapeutique a les mêmes droits à congés qu’un salarié à temps plein. Il acquiert donc le même nombre de jours. Lorsque qu’il pose des congés payés, il ne sera donc plus payé à temps partiel thérapeutique, mais à temps plein.

Exemple :

Un salarié en temps partiel thérapeutique travaille le mardi, le mercredi et le jeudi. Il prend des congés toute la semaine, il posera donc des congés du lundi au vendredi soit 5 jours (hypothèse de congés payés en jours ouvrés) et sera rémunéré à temps plein pendant sa semaine de congés.

Quelles conséquences pour l’entreprise ?

Lorsqu’un salarié a un arrêt initial ou une repise en temps partiel thérapeutique , plusieurs démarches sont à effectuer.

Comment sont définis les horaires de travail ?

Il convient dans un premier temps de définir avec le salarié la répartition des horaires de travail en conformité avec les préconisations du médecin traitant et du médecin du travail mais également en fonction des contraintes du salarié et de l’activité.

Faut-il prévoir une visite médicale de reprise ?

Lorsque le temps partiel thérapeutique est précédé par un arrêt de travail à temps plein, le jour de la reprise à temps partiel, l’employeur doit organiser une visite médicale avec la médecine du travail.

Cette visite a pour but de valider le retour à temps partiel thérapeutique et éventuellement apporter des précisions à l’employeur notamment concernant la répartition horaire du travail ou la charge de travail.

La médecine du travail va alors émettre un avis d’aptitude ou d’inaptitude à la reprise en temps partiel thérapeutique.

Faut-il faire un avenant au contrat du salarié concerné ?

Comment traiter le Temps Partiel Thérapeutique en Paie ?

En cas de reprise en temps partiel thérapeutique, il est nécessaire d’établir un avenant au contrat de travail stipulant le taux d’activité, la date de début et date de fin du temps partiel thérapeutique ainsi que la répartition des horaires de travail.

Comment établir l’attestation de salaire ?

Tous les mois, l’employeur doit transmettre une attestation de salaire à la CPAM pour le versement des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) indiquant le salaire brut perdu pour la période en raison du temps partiel thérapeutique.

Les informations suivantes sont à renseigner :

  • L’indentification du salarié : nom, prénom et numéro de Sécurité Sociale.
  • Le dernier jour travaillé précédant le dernier arrêt de travail (celui précédent la reprise à temps partiel thérapeutique).
  • La date de reprise à temps partiel thérapeutique.
  • La période concernée par l’attestation.
  • Le salaire brut perdu suite au temps partiel thérapeutique

L’attestation de salaire pour temps partiel thérapeutique peut également être transmise en DSN mais il est toujours demandé aux déclarants du régime général de déclarer en parallèle une attestation de salaire sur net-entreprises.

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Pour plus d’informations sur la déclaration en DSN temps partiel thérapeutique, vous pouvez consulter noter article : Déclarer le temps partiel thérapeutique en DSN.

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Un employé en temps partiel thérapeutique entre-t-il dans les effectifs de l’entreprise ?

Comme précisé dans le BOSS, un salarié à temps partiel thérapeutique rentre dans les effectifs de l’entreprise au prorata de son temps de présence comme pour les autres salariés en temps partiel thérapeutique.

Comment traiter le temps partiel thérapeutique en paie ?

quelle est la durée max d'un temps partiel thérapeutique ?

Les heures d’absences du temps partiel thérapeutique sont déduites du salaire brut.

Malgré l’existence de plusieurs méthodes de calcul pratiquées par les entreprises, la méthode de calcul préconisée par la Cour de Cassation est la retenue de l’absence en heure réelle.

Exemple :

Sur le mois de juin, un salarié travaille à temps partiel thérapeutique tous les lundis et mercredis. Sa répartition horaire à temps plein est du lundi au vendredi pour 7h par jour.

Il a donc travaillé 8 jours soit 56 heures dans le mois. Nous allons donc lui déduire 84 heures d’absences pour temps partiel thérapeutique (140 heures ouvrées – 56 heures de travail)

Un salarié à temps partiel thérapeutique acquiert le même nombre de congés payés qu’un salarié à temps plein. Quand il pose des congés payés, il sera donc payé à temps plein et aucune absence ne sera déduite.

Reprenons notre exemple, notre salarié prend une semaine de congés du  10 au 16 juin. Il est donc en temps partiel thérapeutique du 1er au 9 juin et du 17 au 30 juin pour 42 heures travaillées.

Nous allons lui déduire 63 heures d’absences pour temps partiel thérapeutique. Si nous additionnons les 42 heures travaillées + les 63 heures d’absences + les 35 heures de congés payés, nous arrivons bien aux 140 heures ouvrées du mois.

Quelles sont les conséquences sur le bulletin de paie ?

Reprenons notre dernier exemple, notre salarié a un salaire de base équivalent temps plein de 2000€.

  Nombre Taux Montant
Salaire de base 151,67 13,19 2000
Retenue pour temps partiel thérapeutique 63 13,19 -830,75
Retenue pour congés payés 35 13,19 -461,53
Paiement pour congés payés 35 13,19 461,53
Salaire brut     1169,25

Certaines conventions collectives prévoient le maintien de salaire total et/ou partiel en cas de temps partiel thérapeutique.

Dans ce cas, deux solutions s’offrent à l’employeur :

  • Pratiquer la subrogation dans le versement des IJSS : l’employeur perçoit les indemnités journalières à la place du salarié. Il faut alors les retirer du salaire brut et ensuite les réintégrer dans le net à payer afin d’ajuster son net imposable.
  • Le salarié perçoit directement les IJSS, il faut alors lui réclamer les décomptes afin de les déduire du salaire brut.

En tout état de cause, il faut veiller à ce que le salarié ne touche pas plus que s’il avait travaillé à temps plein.

Quel impact sur les cotisations sociales ?

Malgré la spécificité de ce temps partiel, il est possible d’appliquer l’abattement d’assiette de cotisations pour les temps partiel, d’où la nécessité d’établir un avenant au contrat de travail.

Toutefois, d’un commun accord, l’employeur et le salarié peuvent renoncer à cet abattement.

Depuis le 1er janvier 2018, l’abattement pour temps partiel se calcul comme suit : valeur du plafond X nombre d’heures travaillées / durée légale du travail.

Dans notre exemple, notre salarié a un temps de présence de 77 heures (35 heures de congés + 42 heures de présence). Son Plafond Mensuel de Sécurité Sociale (PMSS) pour le mois de juin sera donc de 3 428 X (77/151.67) = 1 740,33.

Exemple de bulletin de salaire mi-temps thérapeutique

Retrouvez ci-dessous un exemple de bulletin de salaire mi-temps thérapeutique. Pour le télécharger, cliquez simplement sur l’image:

Temps Partiel Thérapeutique exemple bulletin salaire

FAQ : les 5 questions les plus fréquentes sur le temps partiel thérapeutique

Est-ce qu’on perd du salaire en mi-temps thérapeutique ?

Le salarié peut percevoir un salaire inférieur pendant un temps partiel thérapeutique, mais une compensation existe souvent. L’employeur rémunère les heures réellement travaillées. La Sécurité sociale peut compléter ce revenu avec des indemnités journalières. Le montant total dépend de la situation médicale, du contrat et des règles applicables dans l’entreprise. Certaines conventions collectives prévoient aussi un maintien partiel ou total du salaire. Dans la pratique, le salarié ne perd donc pas toujours l’intégralité de la part non travaillée. Il est conseillé de vérifier les modalités avec son employeur et la caisse d’assurance maladie afin d’estimer précisément la rémunération globale.

Comment est payé le temps partiel thérapeutique ?

La rémunération repose sur deux sources principales. L’employeur verse le salaire correspondant au temps réellement travaillé. En complément, l’Assurance maladie peut verser des indemnités journalières pour compenser la réduction d’activité. Ce dispositif vise à éviter une perte de revenus trop importante lors de la reprise du travail. Le montant dépend du salaire antérieur, de la durée du temps partiel et de la décision médicale. Dans certains cas, la convention collective prévoit un maintien de salaire plus favorable. L’ensemble permet d’accompagner progressivement le retour à l’emploi après un arrêt maladie ou un accident.

Quelle est la durée maximale d’un temps partiel thérapeutique ?

La durée maximale d’un temps partiel thérapeutique dépend de la situation médicale et de la décision du médecin. En règle générale, ce dispositif est accordé pour une période limitée, souvent quelques mois. Il peut être renouvelé si l’état de santé du salarié le justifie. L’Assurance maladie fixe une durée globale maximale pour le versement des indemnités journalières. Dans de nombreux cas, la limite se situe autour d’un an, mais elle peut varier selon les pathologies. Le médecin traitant et le médecin conseil de l’Assurance maladie évaluent régulièrement la nécessité de poursuivre ce dispositif.

Qui décide de la mise en place d’un temps partiel thérapeutique ?

La mise en place d’un temps partiel thérapeutique repose sur plusieurs acteurs. Le médecin traitant recommande ce dispositif lorsqu’une reprise progressive du travail est préférable. L’Assurance maladie doit ensuite valider cette décision pour autoriser le versement des indemnités journalières. L’employeur intervient également pour organiser concrètement l’aménagement du temps de travail. Dans certains cas, le médecin du travail peut donner un avis lors de la reprise. Ce fonctionnement permet d’adapter le rythme de travail à l’état de santé du salarié. L’objectif est de favoriser une reprise durable sans compromettre la guérison.

Peut-on refuser un temps partiel thérapeutique ?

Un temps partiel thérapeutique nécessite l’accord de plusieurs parties. Le salarié peut choisir de ne pas reprendre dans ces conditions s’il préfère prolonger son arrêt. L’employeur peut aussi refuser si l’organisation du travail ne permet pas l’aménagement proposé. Dans ce cas, un dialogue doit s’engager pour trouver une solution compatible avec la santé du salarié et les contraintes de l’entreprise. Le médecin du travail peut intervenir pour proposer des adaptations. L’objectif reste de faciliter une reprise progressive tout en tenant compte des capacités du salarié et des besoins du poste.

En bref : 7 choses à savoir sur le mi-temps thérapeutique

Le temps partiel thérapeutique permet à un salarié de reprendre progressivement le travail après un arrêt pour raison de santé. Ce dispositif, prescrit par un médecin, aménage le temps de travail tout en maintenant une partie de la rémunération grâce aux indemnités de la Sécurité sociale.


Il implique plusieurs démarches pour l’entreprise, notamment l’organisation des horaires, la gestion de la paie et l’établissement d’un avenant au contrat. Les salariés conservent leurs droits, notamment en matière de congés payés. Pour les RH, sa gestion nécessite une bonne coordination entre l’entreprise, la médecine du travail et l’Assurance maladie.

RH : 7 choses à retenir sur le mi-temps thérapeutique

  • Le temps partiel thérapeutique permet une reprise progressive du travail après un arrêt maladie, un accident du travail ou une maladie professionnelle.
  • Il doit être prescrit par le médecin traitant et validé par la Sécurité sociale.
  • Le salarié est rémunéré pour les heures travaillées et peut percevoir des indemnités journalières en complément.
  • Le taux d’activité n’est pas forcément de 50 %, contrairement à l’idée du « mi-temps » thérapeutique.
  • Le salarié conserve les mêmes droits à congés payés qu’un salarié à temps plein.
  • L’employeur doit organiser les horaires de travail et établir un avenant au contrat précisant les modalités.
  • La paie doit intégrer la retenue des heures non travaillées et le suivi des indemnités journalières.

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Laetitia Baccelli

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