Le jour de carence correspond au premier jour d’un congé de maladie pendant lequel l’agent public ne perçoit pas sa rémunération, sauf exception. En 2026, un seul jour de carence s’applique dans la fonction publique, qu’il s’agisse de la fonction publique d’État, territoriale ou hospitalière.
Cette retenue s’ajoute à la réduction du traitement pendant l’arrêt. Pour les fonctionnaires, le traitement indiciaire est maintenu à 90 % pendant les trois premiers mois de congé de maladie, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants, dans la limite des droits disponibles.
Comment les jours de carence dans la fonction publique sont-ils appliqués ? Dans quelles situations l’agent en est-il exonéré ? Que représente la perte de salaire pour les fonctionnaires ? Et quelles règles s’appliquent concernant les contractuels ?
Cet article présente les règles applicables en 2026 dans la fonction publique ainsi que les exceptions au jour de carence.
Combien de jours de carence dans la fonction publique en 2026 ?
Les jours de carence dans la fonction publique correspondent à une absence de rémunération au début du congé de maladie. Leur application dépend du statut de l’agent et de la nature du congé.
Un ou trois jours de carence : quelle règle s’applique aux fonctionnaires ?
Un seul jour de carence est applicable aux fonctionnaires en 2026. Le maintien de rémunération commence donc au deuxième jour du congé de maladie, sauf situation ouvrant droit à une exonération.
Ce principe est prévu par l’article 115 de la loi de finances pour 2018. Il concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires, à temps complet, à temps non complet ou à temps partiel.
La carence porte sur le premier jour du congé, même s’il correspond à un samedi, un dimanche ou un jour habituellement non travaillé. Le décompte du congé de maladie s’effectue en jours calendaires.
Les jours de carence dans la fonction publique concernent-ils aussi les contractuels ?
Les contractuels de droit public sont également concernés lorsqu’ils bénéficient d’un congé de maladie rémunéré par leur employeur. Leurs droits au maintien de rémunération dépendent notamment de leur ancienneté et de leur fonction publique d’appartenance.
Il faut distinguer deux mécanismes :
- Le jour de carence appliqué à la rémunération maintenue par l’employeur public.
- Les trois jours de carence applicables, en principe, aux indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), versées à partir du quatrième jour.
Ces délais ne s’additionnent pas pour former quatre jours sans rémunération. Lorsque le contractuel bénéficie d’un maintien statutaire, l’employeur le rémunère dès le deuxième jour selon ses droits, même si les IJSS ne débutent qu’au quatrième jour. Ces indemnités sont ensuite déduites de la rémunération maintenue.
En l’absence de droit à un congé rémunéré, l’agent peut uniquement percevoir les IJSS s’il en remplit les conditions.
Les salariés de droit privé employés par une personne publique, comme les apprentis recrutés par une administration, ne sont pas soumis au jour de carence statutaire de la fonction publique. Leur contrat relève du code du travail. En cas de maladie, ils peuvent percevoir des IJSS dans les conditions du régime général, en principe après trois jours de carence. L’éventuel maintien de salaire par l’employeur dépend des règles légales du code du travail et des dispositions plus favorables qui leur sont applicables. Ils ne bénéficient donc pas automatiquement du maintien de rémunération prévu pour les contractuels de droit public.
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Fonction publique : dans quels cas le jour de carence ne s’applique-t-il pas ?
Les jours de carence dans la fonction publique comportent plusieurs exceptions. La nature du congé et, dans certaines situations, le lien entre les arrêts doivent être identifiés pour déterminer si la retenue est applicable.
Pas de carence en cas de prolongation ou d’une reprise inférieure à 48 heures
Une prolongation du même arrêt ne déclenche pas un nouveau jour de carence. L’exonération concerne également le deuxième congé de maladie accordé pour la même affection lorsque la reprise entre les deux congés n’a pas dépassé 48 heures.
Ainsi, deux arrêts rapprochés pour des affections différentes ne suffisent pas à écarter une nouvelle retenue.
Par exemple, un agent reprend son travail un lundi après un arrêt, puis bénéficie d’une prolongation pour la même affection à compter du mardi, aucune nouvelle carence n’est alors appliquée. Toutefois, si le deuxième arrêt concerne une nouvelle affection, le jour de carence doit de nouveau être appliqué.
A noter : L’administration n’a pas accès au diagnostic médical de l’agent. Pour identifier une prolongation, elle s’appuie sur la case cochée par le médecin sur l’avis d’arrêt de travail.
Quelles règles s’appliquent aux arrêts liés à une affection de longue durée ?
Pour une même affection de longue durée (ALD), la carence n’est appliquée qu’au premier congé de maladie d’une période de trois ans. Les congés suivants liés à cette affection sont exonérés pendant cette période, calculée de date à date.
Le lien entre l’arrêt et l’ALD doit être établi médicalement. Un arrêt pour une autre affection reste soumis aux règles habituelles.
Une ALD ne doit pas être confondue avec un congé de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD). L’ALD relève de la prise en charge par l’Assurance maladie.
Quels congés et événements personnels permettent une exonération ?
Certains congés sont exonérés de carence dès leur premier jour. Les principales situations prévues par les textes sont les suivantes :
- Congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS)
- Arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle
- Congé de longue maladie, de longue durée ou de grave maladie
- Congé de maladie après la déclaration de grossesse et avant le congé de maternité
- Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique
- Arrêt après une fausse couche survenue avant la 22e semaine d’aménorrhée
- Arrêt après une interruption médicale de grossesse
- Premier congé de maladie dans les 13 semaines suivant le décès d’un enfant de moins de 25 ans, ou d’une personne de moins de 25 ans à la charge effective et permanente de l’agent
Des exceptions concernent aussi certaines blessures ou maladies liées au service, à un acte de dévouement dans un intérêt public ou au sauvetage d’une personne.
L’exonération de carence n’entraîne pas nécessairement un maintien du traitement à 100 %. Par exemple, un congé de maladie ordinaire après une déclaration de grossesse est exonéré de carence, mais reste soumis aux règles de rémunération de ce congé.
FAQ : les 5 questions les plus fréquentes sur les jours de carence dans la fonction publique
Combien de jours de carence pour les fonctionnaires en 2026 ?
Un jour de carence s’applique, en principe, au début de chaque nouvel arrêt pour maladie ordinaire. La rémunération reprend au deuxième jour, selon les droits de l’agent. Des exceptions existent notamment pour les prolongations et certaines situations médicales ou familiales.
Quelle est la nouvelle loi sur les arrêts maladie des fonctionnaires ?
La loi de finances pour 2025 a réduit de 100 % à 90 % le traitement maintenu pendant les trois premiers mois du congé de maladie, pour les congés accordés depuis le 1er mars 2025. Le jour de carence est resté fixé à un jour. Un décret de juillet 2026 a par ailleurs modifié les modalités de gestion des arrêts.
Qu’est-ce qui va changer pour les fonctionnaires en 2026 ?
Concernant les arrêts maladie, les évolutions entrées en vigueur en septembre 2026 portent notamment sur la durée des prescriptions et les conditions de prolongation et de contrôle, dans les mêmes conditions que les salariés de droit privé. Ces changements ne portent pas la carence à trois jours. La réduction du traitement à 90 % reste applicable dans les conditions prévues.
Est-ce que la fonction publique a un jour de carence pour maladie ?
Oui. Les fonctionnaires et les contractuels de droit public bénéficiant d’un congé de maladie rémunéré sont, en principe, soumis à un jour de carence. Ce dispositif ne s’applique pas à tous les congés pour raison de santé : les congés de longue maladie, de longue durée ou de grave maladie en sont notamment exclus.
Est-ce que les fonctionnaires en arrêt maladie perdent leur salaire ?
La perte n’est généralement pas totale. En congé de maladie ordinaire, le premier jour est non rémunéré sur les éléments soumis à carence, sauf exception. Le traitement est ensuite maintenu à 90 %, puis à 50 %, selon les droits disponibles. Certains éléments, comme le SFT, restent versés intégralement.
A retenir
Les jours de carence dans la fonction publique se limitent à un jour par nouvel arrêt de maladie ordinaire, sauf exception. La prolongation d’un arrêt ou certains congés liés à la santé ou à la situation familiale peuvent écarter cette retenue.
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