Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail ou en congé indemnisé par la Sécurité sociale, et que l’employeur assure un maintien total ou partiel de sa rémunération, celui-ci peut choisir de percevoir directement les IJSS à la place du salarié.
Cette pratique facilite le traitement de l’absence en paie et garantit une gestion plus simple des indemnités.
Pour rendre ces démarches plus fiables, de nombreuses entreprises s’appuient aujourd’hui sur des logiciels RH et des logiciels de paie. Ces outils automatisent l’intégration des IJSS, sécurisent le calcul du maintien de salaire et limitent les erreurs lors de l’édition du bulletin de paie.
Dans cet article, nous vous présentons plusieurs exemples de bulletins de salaire illustrant la mise en œuvre de la subrogation par l’employeur.
IJSS et subrogation : rappel des principes généraux
Avant de vous proposer des modèles de bulletin de salaire en cas d’arrêt de travail avec subrogation, rappelons les principes généraux de la subrogation de l’employeur dans la perception des IJSS.
La subrogation de l’employeur, c’est quoi ?
Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail ou absent en raison de certains congés légaux indemnisés par la Sécurité Sociale, il reçoit des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS).
Si la rémunération du salarié est maintenue en totalité ou en partie, conformément aux dispositions légales ou conventionnelles, l’employeur peut demander à la Sécurité Sociale de percevoir les IJSS à la place du salarié. Ce mécanisme est appelé la subrogation.
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Les absences indemnisées par la Sécurité Sociale
Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail, il peut percevoir, sous certaines conditions, des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS). Cela s’applique également à certains congés autorisés indemnisés par la Sécurité Sociale.
Voici les motifs de suspension du contrat ouvrant droit aux IJSS et permettant ainsi à l’employeur de demander la subrogation dans la perception des IJSS :
- Arrêt de travail (ou bulletin d’hospitalisation) pour maladie non professionnelle.
- Arrêt de travail (ou bulletin d’hospitalisation) pour maladie professionnelle, accident du travail ou accident de trajet.
- Congé maternité, paternité et d’accueil de l’enfant.
- Congé d’adoption.
- Temps partiel thérapeutique.
- Congé deuil enfant.
Demander la subrogation : procédure !
La subrogation est demandée par l’employeur au moment du signalement de l’arrêt de travail en DSN.
Voici les modalités déclaratives du signalement « arrêt de travail » en DSN :
| S21.G00.60.001 | Motif de l’arrêt | 01 – Maladie 02 – Maternité 03 – Paternité/accueil de l’enfant 04 – Congé suite à un accident de trajet 05 – Congé suite à maladie professionnelle 06- Congé suite à accident de travail ou de service 07 – Femme enceinte dispensée de travail 08 – Temps partiel thérapeutique 09 – Adoption 19 – Deuil enfant |
| S21.G00.60.002 | Date du dernier jour travaillé | Veille du jour de l’arrêt ou début du congé (y compris week-end et jour férié), sauf exceptions |
| S21.G00.60.003 | Date de fin prévisionnelle | Date inscrite sur l’arrêt de travail ou date de fin prévue pour les congés légaux |
| S21.G00.60.004 | Subrogation | 01 – Oui |
| S21.G00.60.005 | Date de début de subrogation | Date de début de l’arrêt ou du congé |
| S21.G00.60.006 | Date de fin de subrogation | Date de fin de maintien total ou partiel |
| S21.G00.60.007 | IBAN | IBAN de l’employeur |
| S21.G00.60.008 | BIC | BIC de l’employeur |
| S21.G00.60.010 | Date de reprise | À renseigner uniquement si le salarié a repris son travail au moment du signalement et notamment en cas de reprise anticipée |
| S21.G00.60.011 | Motif de reprise | 01 – Reprise normale 02 – Reprise en temps partiel thérapeutique 03 – Reprise temps partiel raison personnelle |
| S21.G00.60.012 | Date de l’accident ou de la première constatation médicale de la maladie professionnelle | À renseigner seulement en cas d’AT/MP |
IJSS et subrogation : les modèles de bulletin de salaire
Voici des modèles de bulletin de salaire avec subrogation pour chaque type d’arrêt.
Arrêt de travail pour maladie et subrogation
- Un salarié est en arrêt de travail pour maladie pour une durée de 7 jours.
- Cet arrêt est indemnisé par la Sécurité Sociale après un délai de carence de 3 jours.
- La rémunération nette du salarié est maintenue à 90% après déduction des IJSS.
- L’employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS.

Explication du bulletin :
- La retenue de l’absence représente 35 heures multiplié par le taux horaire.
- L’indemnité est égale à 90% du montant de la retenue de l’absence.
- Les IJSS brutes sont retenues du salaire brut (4 X 41,10 €).
- Il est appliqué un ajustement du net (également appelé garantie de net) afin d’assurer un maintien du salaire net.
- Les IJSS nettes sont reversées au salarié en bas de bulletin (164,38 X 0,933).
- Les IJSS sont intégrées dans la base du prélèvement à la source après déduction de la CSG déductible (dans la limite des 2 premiers mois d’arrêt).
Arrêt de travail pour accident du travail et subrogation
- Un salarié est en arrêt de travail pour accident du travail pour une durée de 14 jours.
- Cet arrêt est indemnisé par la Sécurité Sociale.
- La rémunération du salarié est maintenue à 100% après déduction des IJSS.
- L’employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS.

Explication du bulletin :
- La retenue de l’absence représente 70 heures multiplié par le taux horaire.
- L’indemnité est égale au montant de la retenue de l’absence.
- Les IJSS brutes sont retenues du salaire brut (14 X 49,31 €).
- Il est appliqué un ajustement du net (également appelé garantie de net) afin d’assurer un maintien du salaire net.
- Les IJSS nettes sont reversées au salarié en bas de bulletin (690,34 X 0,933).
- Les IJSS sont intégrées pour moitié dans la base du prélèvement à la source après déduction de la CSG déductible.
Congé de maternité et subrogation
- Une salariée est en congé de maternité tout le mois.
- Cet arrêt est indemnisé par la Sécurité Sociale.
- La rémunération de la salariée est maintenue à 100% après déduction des IJSS.
- L’employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS.

Explication du bulletin :
- La retenue de l’absence est égale au salaire mensuel du mois.
- L’indemnité est égale au montant de la retenue de l’absence.
- Les IJSS brutes sont retenues du salaire brut (31 X 64,93 €).
- Il est appliqué un ajustement du net (également appelé garantie de net) afin d’assurer un maintien du salaire net.
- Les IJSS nettes sont reversées au salarié en bas de bulletin (2012,88 X 0,933).
- Les IJSS sont intégrées dans la base du prélèvement à la source après déduction de la CSG déductible.
Congé de paternité et d’accueil de l’enfant et subrogation
- Un salarié prend son congé paternité en totalité à la suite des 3 jours de congés naissance.
- Cet arrêt est indemnisé par la Sécurité Sociale.
- La rémunération du salarié est maintenue à 100% après déduction des IJSS.
- L’employeur demande la subrogation dans la perception des IJSS.
FAQ : 3 questions fréquentes autour des IJSS et de la subrogation
Quelle est la différence entre maintien de salaire et subrogation ?
Le maintien de salaire correspond au complément versé au salarié pendant son arrêt. La subrogation concerne uniquement le versement des IJSS.
Une entreprise peut maintenir le salaire sans pratiquer la subrogation. Dans ce cas, les IJSS sont versées directement au salarié.
Comment calculer les IJSS en arrêt maladie ?
Les IJSS sont calculées à partir des salaires bruts des mois précédant l’arrêt. La CPAM applique ensuite un plafond et un taux de prise en charge.
Notes de frais : reprenez le contrôle sur le suivi des dépenses
Centralisez toutes les notes de frais dans un modèle Excel simple et structuré, développé par notre partenaire Nibelis. Suivez les dépenses, vérifiez les montants et gérez les remboursements plus facilement.
Accéder au modèle gratuitLe montant peut varier selon la situation familiale ou la durée de l’arrêt. Des compléments employeurs ou prévoyance peuvent aussi s’ajouter.
Que faire si les IJSS ne correspondent pas au montant attendu ?
Il faut d’abord vérifier l’attestation de salaire transmise à la CPAM. Une erreur sur les dates ou le salaire peut modifier le calcul.
Le salarié ou l’employeur peut ensuite contacter la CPAM pour demander une régularisation. Les services paie doivent aussi contrôler les bulletins concernés.
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Explication du bulletin :
- La retenue de l’absence est égale à 119 heures multiplié par le taux horaire.
- L’indemnité est égale au montant de la retenue de l’absence.
- Les 3 jours de congé naissance sont indemnisés à 100% par l’employeur.
- Les IJSS brutes sont retenues du salaire brut (25X 64,93 €).
- Il est appliqué un ajustement du net (également appelé garantie de net) afin d’assurer un maintien du salaire net.
- Les IJSS nettes sont reversées au salarié en bas de bulletin (1623,29 X 0,933).
- Les IJSS sont intégrées dans la base du prélèvement à la source après déduction de la CSG déductible.




